ততকালীন প্রধানমন্ত্রী বেগম খালেদা জিয়া ২০০৫ সালের ১ মার্চ বিশ্ববিদ্যালয়ের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন, এবং ২০০৭ সালের ৯ মে বেগম খালেদা জিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ের উদ্বোধন করেন।
যার পর থেকেই ক্রমশ বিভিন্ন ভবন এবং সাজানো গুছানো ক্যম্পাস নিয়ে গড়ে উঠে বিশ্ববিদ্যালয়টি, হাটি হাটি পা পা করে বিশ্ববিদ্যালয়টি এখন ১৫ বছরে পদার্পণ করল।
ময়মনসিংহ জেলার ত্রিশাল উপজেলার নামাপাড়ার বটতলা কে কেন্দ্র করে যে বট গাছের নিচে বাশি বাজাতেন বিদ্রোহী কবি নজরুল, এবং ত্রিশালে শিক্ষা জীবনের লজিং বাড়ির পাশেই যাতায়াতের রাস্তায় হুংনির বীল( স্থানীয় নাম) এর তীরেই প্রাতিষ্ঠানিক কলরব শুরু করে বিশ্ববিদ্যালয়টি।
বিশ্ববিদ্যালয়টি প্রথমে বাংলাদেশের প্রথম সংস্কৃতি-ভিত্তিক বিশ্ববিদ্যালয় হিসাবে নির্বাচন করা হলেও পরে ইউনিভার্সিটি অ্যাক্ট এটিকে উন্মুক্ত শিল্পকলা শিক্ষা এবং অন্যান্য বিষয়ে বিশেষ শিক্ষা সহ একটি সাধারণ বিশ্ববিদ্যালয় হিসাবে গড়ে তুলেছিল।
বিশ্ববিদ্যালয়টির প্রথম উপাচার্য ছিলেন মোহাম্মদ শামসুর রহমান ১৮৫ জন শিক্ষার্থী নিয়ে প্রথম ব্যাচ যাত্রা শুরু করে, চারুকলা অনুষদের অধীনে তিনটি বিভাগ (বাংলা ভাষা ও সাহিত্য, ইংরেজি ভাষা ও সাহিত্য, এবং সংগীত) এবং বিজ্ঞান ও প্রকৌশল অনুষদের অধীনে একক বিভাগের কম্পিউটার সায়েন্স অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিংয়ের মাধ্যমে বিশ্ববিদ্যালয়ের একাডেমিক প্রোগ্রাম কার্যকর শুরু হয়।
পরের বছর দুটি নতুন অনুষদের অধীনে আরও দুটি বিভাগ প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল: ব্যবসায় প্রশাসন অনুষদের অধীনে হিসাবরক্ষণ ও তথ্য সিস্টেম বিভাগ এবং সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদের অধীনে অর্থনীতি বিভাগ। ২০০৯-২০১০ শিক্ষাবর্ষে আরও দুটি বিভাগ চালু হয়েছিল দুটি অনুষদের অধীনে: ব্যবসায় প্রশাসন অনুষদের অধীনে অর্থ ও ব্যাংকিং বিভাগ এবং কলা অনুষদের অধীনে চারুকলা বিভাগ। ২০১০-১১ শিক্ষাবর্ষে চারটি বিদ্যমান অনুষদের অধীনে চারটি অতিরিক্ত বিভাগ স্থাপন করা হয়েছিল, যেমন, চারুকলা অনুষদের অধীনে নাট্য বিভাগ, বিজ্ঞান ও প্রকৌশল অনুষদের অধীনে ইলেকট্রনিক্স এবং যোগাযোগ প্রকৌশল বিভাগ, অনুষদের অধীন জনপ্রশাসন বিভাগ সামাজিক বিজ্ঞান এবং ব্যবসায় প্রশাসন অনুষদের অধীনে মানবসম্পদ পরিচালন বিভাগ ।
বর্তমানে অবকাঠামো, অনুষদ এবং সবুজ এক ক্যাম্পাস নিয়ে বিশ্ববিদ্যালয়টি হয়ে উঠেছে একটি দেশের অন্যতম সুউচ্চ বিদ্যাপীঠ।
৯ মে প্রতিবছর বিশ্ববিদ্যালয়ে আনুষ্ঠানিক ভাবে পালিত হয় বিশ্ববিদ্যালয় দিবস, যার ধারাবাহিকতায় এবার পালিত হবে ১৫ তম বিশ্ববিদ্যালয় দিবস।
